Η πόλη ιδρύθηκε από τον Αρχέλαο Α' (413-399 π.Χ.) ή από τον Αμύντα Γ' για να γίνει η νέα πρωτεύουσα του Μακεδονικού κράτους αντί των Αιγών (Βεργίνα) . Η Πέλλα παρέμεινε πρωτεύουσα μέχρι την κατάλυση του Μακεδονικού κράτους από τους Ρωμαίους , οι οποίοι την λεηλάτησαν και μετέφεραν τους θησαυρούς της στη Ρώμη . Αργότερα η πόλη καταστράφηκε από σεισμό και στη συνέχεια ανοικοδομήθηκε . Περί το 180 μΧ ο Λουκιανός μας πληροφορεί ότι "είναι πια ασήμαντη και με λιγοστούς κατοίκους" .
Η παλαιότερη αναφορά που έχουμε για την Πέλλα είναι από τον Ηρόδοτο κατά την περιγραφή της
εκστρατείας των Περσών και από τοΘουκυδίδη κατά την περιγραφή της Μακεδονικής επέκτασης και του πολέμου κατά του Σιτάλκη , βασιλιά των Θρακών . Σύμφωνα με τονΞενοφώντα , στην αρχή του 4ου αιώνα π.Χ. ήταν η μεγαλύτερη πόλη της Μακεδονίας . Η πόλη προσέλκυσε φημισμένους καλλιτέχνες της εποχής , όπως ο ζωγράφος Ζεύξης , ο ποιητής Τιμόθεος ο Μιλήσιος και ο Ευριπίδης , ο οποίος και πέθανε εκεί γράφοντας την τραγωδίαΑρχέλαος . Μετά το βίαιο θάνατο του Αρχελάου η ανάπτυξη του κράτους ανακόπτεται. Το μεγάλο του έργο συνεχίστηκε μετά από μερικές δεκαετίες, από τον Φίλιππο Β' (360-336 π.Χ.). Η προσπάθεια του Φιλίππου δεν περιορίστηκε μόνο στην εσωτερική ανάπτυξη, αλλά στράφηκε κυρίως στην επέκταση της πολιτικής δύναμης της Μακεδονίας. Στα χρόνια αυτά η Πέλλα φτάνει σε πλήρη ακμή, γίνεται "η μεγίστη τών εν Μακεδονία πόλεων" (Ξενοφών Ελληνικά V,2,13) και η ακτινοβολία της εξαπλώνεται σε ολόκληρο τον τότε γνωστό κόσμο με τις κατακτήσεις του Αλεξάνδρου Γ΄ (336-323 π.Χ.)Μετά τον θάνατο του Αλεξάνδρου ατέλειωτες διαμάχες ξεσπούν μεταξύ των διαδόχων του, μέχρι την άνοδο στον θρόνο του Αντίγονου Γονατά (276-239 π.Χ.). Πελλαίοι απόμαχοι του Μεγάλου Αλεξάνδρου ίδρυσαν ομώνυμηαποικία στην Δεκάπολη της Παλαιστίνης, στην ενδοχώρα της Συρίας μια άλλη Πέλλα και στον Περσικό κόλπο τον Πελλαίο δήμο. Κατά την περίοδο του Αντίγονου Γονατά η πόλη έφτασε στη ακμή της (σύμφωνα με τα αρχαιολογικά ευρήματα).
Η Πέλλα αναφέρεται αργότερα από τον Πολύβιο και τον Λίβιο ως η έδρα του βασιλείου του Φίλιππου Ε' και του Περσέα του Μακεδόνακατά τους Μακεδονικούς πολέμους . Ο Λίβιος μας δίνει τη μόνη περιγραφή της πόλης , όπως την είδε ο Ρωμαίος Λούκιος Αιμίλιος Παύλος ο Μακεδονικός , νικητής της Μάχης της Πύδνας:
"...και αυτός είδε ότι δεν επελέγη άδικα σαν θέση βασιλικής κατοικίας. Είναι τοποθετημένη στη νοτιοδυτική πλαγιά ενός λόφου και περιβάλλεται από βάλτο πολύ βαθύ για να διασχιστεί με τα πόδια χειμώνα-καλοκαίρι. Η ακρόπολη, η οποία είναι κοντά στη πόλη, βρίσκεται μέσα στο βάλτο και εξέχει σαν νησί, είναι δε χτισμένη πάνω σε γιγαντιαία θεμέλια που αντέχουν τείχη πάνω τους και προστατεύουν από την εισχώρηση των υδάτων της λίμνης. Από μακριά φαίνεται σα να είναι συνέχεια του τείχους της πόλης, αλλά στην πραγματικότητα είναι ξεχωριστή και ανάμεσα στα δύο τείχη υπάρχει ένα κανάλι. Η ακρόπολη ενώνεται με την πόλη με μια γέφυρα, έτσι αποκόπτονται όλες οι πλευρές πρόσβασης για έναν εξωτερικό εχθρό και αν ο βασιλιάς φυλακίσει κάποιον εκεί δεν υπάρχει τρόπος διαφυγής εκτός από τη γέφυρα, η οποία φυλάσσεται εύκολα."
Στη ρωμαϊκή επαρχία της Μακεδονίας η Πέλλα ήταν πρωτεύουσα του τρίτου διαμερίσματος και πιθανώς η έδρα του Ρωμαίου κυβερνήτη. Από την Πέλλα διερχόταν η Αρχαία Εγνατία Οδός και ήταν σημαντικός σταθμός μεταξύ Δυρράχειου και Θεσσαλονίκης . Ο Κικέρων έμεινε εκεί το 58 π.Χ., αλλά η θέση του επάρχου την εποχή εκείνη είχε μεταφερθεί στη Θεσσαλονίκη.
Η πόλη έπεσε σε παρακμή για άγνωστους λόγους (μάλλον λόγω σεισμού) προς το τέλος του 1ου π.Χ. αιώνα.
